共享内存设置中的MPI开销

我想并行化一个程序。线程在共享内存中处理一个大数据结构并不困难。 但我希望能够使用通过集群分发,我必须选择一种技术来做到这一点。MPI是一个想法 问题是,如果我跳过共享内存专用版本的实现,让MPI处理所有情况,MPI(或其他技术)的开销会是多少 更新: 我想在许多计算机上同时生成一个大型数据结构(游戏树)。 它的大多数部分将只在一个集群节点上,但其中一些(树的顶部不规则)将不时共享和同步 在共享内存机器上,我希望通过共享内存实现这一点。 这能一般地做到吗 这取决于算法。Clealy集群间通信比共

使用slurm启动OpenMPI/pthread应用程序

在诸如XE6之类的Cray计算机上,当通过aprun启动混合MPI/pthreads应用程序时,有一个深度参数指示每个进程可以生成的线程数。比如说, aprun -N2 -n12 -d5 每个进程可以产生5个线程,操作系统将分发这些线程 使用Slurm的srun启动OpenMPI/pthread应用程序时,是否有类似的选项?该机器是一个通用的HP群集,带有nehalem处理器和IB互连。如果线程支持级别仅为MPI_thread_漏斗状,这有关系吗?这是我用来启动混合MPI OpenMP作业的脚

为MPICH配置valgrind:错误的libmpi*。因此使用了文件

在运行valgrind以检测mpi应用程序中的错误时,我得到以下错误: libmpi.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory 我发现: (第4.9.1节)指出,“要包装的MPI函数假定位于一个ELF共享对象中,soname与libmpi匹配。因此*。这至少对于开放MPI和二次MPI是正确的,并且可以在需要时轻松更改。” 既然我使用的是mpich2,它实际上应该使用libmpich.So.1.0 这可以在li

MPI进程是如何启动的?

当使用mpirun或mpiexec启动MPI作业时,我可以理解如何启动每个进程。但是,如果没有任何编译器魔法,这些包装器可执行文件如何将排列(MPI通信器)传递给MPI进程 我感兴趣的是细节,或者是指向哪里的指针。关于单个进程如何建立MPI世界的细节是特定于实现的。您应该查看特定库的源代码,以了解它是如何工作的。但有两种几乎通用的方法: 命令行参数:MPI启动器可以将参数传递给生成的进程,指示如何以及在何处连接以建立统一体。这就是为什么必须通过使用C中的argc和argv调用MPI_Init(

MPI—是否有任何方法可以使用VisualStudio找出并显示MPI中每个核心所做的工作?

是否有任何方法可以使用Visual Studio找出并显示MPI中每个核心所做的工作?Microsoft MPI基于MPICH,因此包含MPICH跟踪功能。您可以将-trace选项指定为mpiexec,它将生成多个跟踪文件。最重要的是CLOG2文件,然后可以使用Jumpshot工具查看该文件。它还可以产生OTF痕迹,由Vampir等工具进行分析 如果您碰巧使用了“英特尔MPI库”,则很可能会附带“英特尔跟踪分析器和采集器”(ITAC)。它在一个GUI包中完成所有的检测和可视化 VisualStu

Mpi 指定要运行的多个主机文件

我想在两个站点(本例中为Rennes和Nancy)的多台主机上运行mpi程序。我想为站点Rennes上的主机提供一组参数,为站点Nancy上的主机提供另一组参数。我正在尝试使用以下命令执行此操作: mpirun -configfile mpi_cfg.txt 其中mpi_cfg.txt包含: -machinefile conf/rennes/workernodes.txt parallel_wan_test conf/rennes/running.cfg -machinefile conf/

安装MPICH2无法填充libmpi.so.1(已卸载openmpi)

我使用以下方式安装了mpich2: ./configure --prefix=/usr/mpich2-install --enable-threads --enable-shared make make install 但当我运行MPI程序时,出现了一个错误: ./exe_framework: error while loading shared libraries: libmpi.so.1: cannot open shared object file: No such file or

如何在MPI中使用单个节点进行写入

我想用MPI(特别是OpenMPI)提供的例程实现一些文件io 由于环境的可能限制,我想知道是否有可能限制负责IO的节点,以便所有其他节点都需要对这组进程执行隐藏的mpi\u发送,以实际写入数据。如果主节点位于具有高性能文件系统的节点上,而其他节点只能访问存储二进制文件的低性能文件系统,那么这种情况就很好了 事实上,我已经找到了一些可能有用的信息,但我找不到进一步的信息,即如何实际实现这些东西: 1:有一个属于通信器的信息键MPI\u IO,它告诉哪些列组提供符合标准的IO例程。由于这被列为环境

MPI检查点使用

我想利用MPI检查点功能来保存我的作业。根据 我应该能够将SIGUSR1发送到mpiexec(在我的情况下,我将它发送到mpirun)以触发检查点。但是,当我这样做时,我看不到任何保存在我的检查点目录中的文件,这些文件是我用-ckpoint前缀指定的 这是我的mpirun-info输出 HYDRA构建详细信息: 版本:4.1更新1 发布日期:20130522 流程经理:pmi 可用的引导服务器:ssh rsh fork slurm srun ll llspawn.stdio lsf blaun

如何从MPI代码的gprof中获得有意义的结果?

我正在优化MPI代码,并与Gprof合作。 问题是我得到的结果完全不合理。我的工作流程如下: 编译代码添加-pg作为编译标志 正在运行代码mpirun-np Nproc EXEC.exe arg1。。。argN 在可执行文件上运行gprofgprof EXEC.exe 这有什么不对?运行gprof的说明通常假定程序是串行的,或者是单进程但多线程的 要使用多进程程序(如MPI程序)运行gprof,您需要 确保每个流程输出自己的文件 跨进程显式求和文件 对结果运行gprof 或是良好的起点: 在

MPI_Reduce不会从我的阵列发送最小位置

我的问题就是这样! 下面是我的代码,我不知道为什么,它传输的是最小数据,但不是MPI_Reduce手册所说的位置 //其中b是一个包含N个数据的数组,int //最小值和数组,带2个数据,int MPI_Reduceb,min,1,MPI_2INT,MPI_MINLOC,0,MPI_COMM_WORLD; ifrank==0{ B表中的printfMIN=%d\n,最小值[1]; 最小打印位置=%d\n,最小值[0]; } MPI_MINLOC不返回最小值的位置,而是返回结构的第二个元素的值,其

我可以用MPI_open_端口链接两个单独的可执行文件并在文本文件中共享端口信息吗?

我试图在两个独立启动的可执行文件之间创建一个共享的MPI COMM,例如 mpiexec -n 1 ./exe1 mpiexec -n 1 ./exe2 我使用MPI\u Open\u port生成端口详细信息,并将其写入exe1中的文件,然后使用exe2读取。然后是MPI\u通信连接/MPI\u通信接受,然后发送/接收通信(下面的最小示例) 我的问题是:我们能否以这种方式将端口信息写入文件,或者MPI是否需要MPI\u Publish\u name/MPI\u Lookup\u name才

Mpi 如何使一个进程等待另一个进程

我最近开始用MPI(C语言)编程,遇到了这样一种情况:在我创建的所有n个进程中,我需要一个进程显式地等待另一个进程。 我已经经历了MPI_障碍和MPI_等待,但仍然不确定它是如何工作的。提前感谢。如果您明确希望从要等待的进程中获取数据,只需使用名为sender参数的源进程调用MPI\u Recv,接收调用将一直阻塞,直到数据发送到它为止 正如@Adam在对您的问题的深刻评论中所指出的,您所描述的可能是一个完全顺序的算法,这在MPI程序中是一个非常不幸的结果。您能描述一下您认为需要等待的原因吗?很

mpiblast可以实现什么样的扩展?

在我们的HPC集群上,其中一个用户在多达30个内核上运行mpiblast作业。这些通常会在大约10个不同的节点上结束,这些节点通常在用户之间共享。虽然这些作业偶尔可以很好地扩展,并且可以有效地使用大约90%的可用内核,但是扩展通常非常糟糕,作业只会累积大约10%的可用内核所对应的CPU时间 一般来说,mpiblast的规模应该更好吗?有人知道哪些因素可能导致伸缩性差吗?mpiblast通常工作得更快,但不能保证伸缩性会更好。有几个因素: 对于并行处理,您需要确保正在使用的节点没有空闲/没有正确

MPI 2.1和MPI 3.0实现的不同行为。(MPI和OpenMP)

运行包含openmp代码的MPI程序时,是否需要设置OMP_NUM_THREADS变量?当我看到一些教程时,我看到必须设置OMP_NUM_线程(环境变量)。我的家庭群集上的Im测试程序使用OpenMPI 1.6.4(MPI 2.1)传递消息。我的MPI程序包括openMP函数调用(omp_get_max_threads),在运行MPI程序之前,我没有设置omp_NUM_threads变量。程序正常工作并返回实际线程数。如果我尝试在另一个使用较新版本MPI实现(MPI 3.0)的群集上启动此程序,

广播(MPI)后其他处理器阵列中的元素错误

我正在尝试将指向x的指针广播到其他处理器。它与err和num一起声明为全局变量。但是广播后,除了rank 0之外,所有处理器的数组内容都不正确,而err和num的读取正确 我在caps中添加了注释,以指出我在上面提到的内容。底部打印循环在广播后给出正确的err和num值,而不考虑等级,但是x的内容只有在等级为0时才正确。有人知道为什么吗 注意:我对C不太熟悉,但数组的元素似乎已正确填充,因为进程0能够访问数组并从中读取正确的元素 样本输入 3 5.05 2 3 4 如果我将秩设置为0,则输出

Mpi scalapack PDGESV求解大型线性方程组时的分段错误

当方程数量N变大时,使用scalapack例程PDGESV求解一组线性联立方程Ax=b的并行fortran代码失败(带分段故障退出)。我还没有确定出现问题时N的确切值,但是,例如,对于我测试过的所有值,在N=50000时,代码都能完美地工作,但在N=94423时失败 尤其是,在调用scalapack PDGESV例程期间(即分配/释放内存时)发生故障; 它进入例行程序PDGESV,但不离开此例行程序。 我正在开发一个Linux Mint 18.3 Sylvia系统,内存为148 GB 使用Int

MPI_状态中的未知字段

我正在使用MPI库,在使用var类型的MPI_状态时,我试图访问字段计数,但编译器说它不可用。 我发现了两个不同的soucre-一个声明struct有一个名为count的字段,另一个声明in有一个名为size的字段。 我两个都试过了,但都无法编译。有什么想法吗 谢谢。 在C语言中,status是一个类型为MPI_status的结构,它包含三个字段,分别名为MPI_SOURCE、MPI_TAG和MPI_ERROR;该结构可能包含其他字段 使用: 我同意。在MSMPI(Microsoft HPC版本

mpi多重初始化完成

假设我有很好的理由做下面的事情(我想我有),如何让它工作 #include "mpi.h" int main( int argc, char *argv[] ) { int myid, numprocs; MPI_Init(&argc,&argv); MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&numprocs); MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&myid); // ...

我可以从已执行的程序中获取mpiexec命令行参数吗?

当我运行mpiexec来运行并行程序时,用户可能会将许多选项传递给mpiexec。是否有MPI调用从已执行的程序中访问此命令行参数?这都明显超出了标准,因此YMMV,但通常没有-已执行的程序从未看到mpiexec参数。mpiexec是一个进程启动器,参数指向进程启动器,然后进程启动器仅使用可执行文件的命令行参数启动进程 如果您需要这些参数,您可以编写一个包装器脚本,在执行命令行之前将其输出到文件中,并让进程读取它们;但是,如果有人直接使用mpiexec运行,这将失败 对于给定的环境,通常应该可以

通过srun启动的MPI作业中的固定进程

我正在SLURM集群上运行MPI作业,并希望将生成的进程固定到节点上的特定核心。这可能包括不同节点上不同数量的进程以及不同节点上不同的固定模式。如果我使用salloc分配节点,为mpi进程构造一个秩文件,并使用mpirun启动进程,那么这一切都相对容易 不幸的是,如果由于任何原因(如超时或抢占)取消了分配,则在节点上运行的进程将被终止,但在头节点上执行的mpirun不会被终止,它将为正在执行的线程无限期地从生成可忽略的负载变为生成100%的负载 答案似乎是使用srun而不是mpirun来启动应用

Mpi 在发送和接收过程中,何时使用不同的计数或类型?

MPI中描述发送和接收的许多例程(MPI_Sendrecv、MPI_Scatter等)都有用于发送和接收的计数和类型的参数。例如,在Fortran中,MPI_散点的签名为: MPI_SCATTER(SENDBUF, SENDCOUNT, SENDTYPE, RECVBUF, RECVCOUNT, RECVTYPE, ROOT, COMM, IERROR) 如果发送的数据量必须与接收的数据量相同,为什么两者都需要?这不就是引入了不一致的可能性吗 需要不同计数/类型的用例

Mpi 多维实数据的FFTW并行导数

我想建立一个2D MPI并行谱微分代码。 以下代码似乎可以很好地处理x导数,包括串行和并行: alloc_local = fftw_mpi_local_size_2d(N0,N1,MPI_COMM_WORLD,&local_n0, &local_0_start); fplan_u = fftw_mpi_plan_dft_2d(N0,N1,ptr_u,uhat,MPI_COMM_WORLD,FFTW_FORWARD,FFTW_ESTIMATE); bplan_x = fftw_mp

为什么我会得到一个;无效数据类型“;此示例mpi广播程序出错?

在做出评论中提到的更改后,没有得到任何输出 我是MPI新手。如果我用两个以上的进程运行它,我会在控制台上看到另外两行代码: 1-更多进程已发送帮助消息help-mpi-errors.txt/mpi\u errors\u是致命的 2-将MCA参数“orte_base_help_aggregate”设置为0以查看所有帮助/错误消息 我做错了什么? 这是我的终端上的完整输出: ***MPI_Bcast中发生错误 ***按进程报告[4248174593,1] ***关于通讯器MPI_通讯世界 ***MP

Mpi 确定MPMD中每个程序的进程数

是否可以从程序中知道有多少进程正在执行prog_1和prog_2 mpirun-np3程序1:-np5程序2 我的意思是,我怎么知道3个进程正在执行的prog_1的内部呢?我认为没有一种简单且可移植的方法来实现这一点。 程序名在argv[0]中,因此您可以MPI_聚集()它们和MPI_Bcast()或MPI_分散()您需要的信息 另一种方法是只从第一个程序开始,然后MPI\u Comm\u spawn()第二个程序。argv只包含可执行文件前面的字符串(以及可执行文件的名称),因此-np 3不会

安装MYMPI.c库

有谁能告诉我如何使用linux环境安装MYMPI.c库吗?我想你这里要问的问题是如何在linux环境中编译一个名为MYMPI.c的MPI程序 因此,首先,检查您是否已经安装了MPI。尝试运行命令mpicc将是一种方法。如果在您的路径中有这样一个程序,那么它已经安装好了。如果已安装,请跳过下一段 如果没有,则需要安装MPI库和实用程序。如何做到这一点取决于您的系统。如果您有root用户,则可能可以使用使用apt get或yum的任何软件包管理器来安装或。两者都是MPI规范的非常可靠的实现,并且没有

MPI中的通信代价建模

有人知道有任何关于MPI项目中通信成本的论文吗?我试图预测(比如)两阶段I/O中的通信步骤所花费的时间。这取决于进程的数量、发送/接收的消息的大小和数量、网络互连和体系结构等。我们可以提出一个公式来评估通信所花费的时间。我读过一些论文,但没有一篇涉及多个进程同时通信的情况 任何时间估计中最关键的因素都是要发送的总数据和互连速度。这将为您提供一个有效的“最短”消息传输时间 之后,您可以测量实际花费的时间,并使用该时间来确定MPI实现的大致效率等级。随着数据量的增加,所需的时间也将使用比例因子增加。

MPI_SENDRECV是如何工作的?

我有一个关于MPI_SENDRECV的问题。 以下是一个例子: PROGRAM sendrecv IMPLICIT NONE INCLUDE "mpif.h" INTEGER a,b,myrank,nprocs,ierr integer istat(MPI_STATUS_SIZE) CALL MPI_INIT(ierr) CALL MPI_COMM_SIZE(MPI_COMM_WORLD, nprocs, ierr) CALL MPI_COMM_RANK(MPI_C

调用从MPI进程调用MPI进程的脚本

我有一个MPI程序(Fortran),我需要将它转换成一个脚本,该脚本反过来启动自己的MPI程序(使用mpirun)。到目前为止,我已经将shell out(system)命令包装在if(system\u num.eq.root\u system\u num)中,因此只有一个MPI进程运行脚本。但是,这会导致一系列的HYDU\u create\u过程错误 我考虑过使用MPI\u Comm\u spawn,但是有一些警告,比如“如果您启动的程序是一个shell脚本,并且该shell脚本启动了一个调

crontab下的mpirun错误

我正在crontab环境下运行mpirun命令,并收到错误 /opt/pgi/linux86-64/2013/mpi/mpich/bin/mpirun:line 75:/linux86-64/2013/mpi/mpich/bin/mpirun.args:没有这样的文件或目录 mpirun.args实际上位于/opt/pgi/linux86-64/2013/mpi/mpich/bin/目录下。那么,我如何让crontab环境知道它的位置呢?在/opt/pgi/linux86-64/2013/mpi

MPI自己的代码,用于查找向量中的最小值

我正在尝试编写自己的MPI函数,该函数将计算向量中的最小数,并将其广播到所有进程。我将这些过程视为一棵二叉树,并在从叶子到根的过程中找到最小值。然后我通过它的子元素将信息从根发送到叶子。但是,当我试图在一个只有4个进程从0到3排列的执行中从进程排名1的左子进程(进程排名3)接收最小值时,我遇到了一个分段错误 void通信::ReduceMin(double&partialMin,double&totalMin) { MPI_屏障(MPI_通信世界); 双*左子女,*右子女; leftChild=

Mpi isend和isend之间有什么区别?

需要澄清我对isend和issend的理解,如中所示 我的理解是,一旦发送缓冲区空闲,即当所有数据被释放时,isend将返回。另一方面,Issend仅在接收到来自获取/未获取整个数据的接收的ack时返回。就这些吗?正确。显然,只有当通过MPI\u WAIT*或MPI\u TEST*函数完成从调用MPI ISEND或MPI\u ISSEND返回的请求时,这两种情况才是真的。MPI\u ISEND()和MPI\u ISSEND()立即返回,但在这两种情况下,都不能立即使用发送缓冲区 想想看MPI\u

英特尔MPI\u通信\u繁殖\u多重崩溃

在使用“英特尔MPI”实现并使用ifort编译代码时,我发现MPI\u COMM\u SPAWN\u MULTIPLE内部出现崩溃。同样的代码在使用OpenMPI和使用gfortran编译时不会出现问题。相关代码发布在下面 ALLOCATE(commands(num_processes - 1)) ALLOCATE(args(num_processes - 1,2)) ALLOCATE(info(num_processes - 1)) ALLOCATE(m

MPI_Allreduce混合和处理器

我刚刚并行化了一个代码,但有一些问题。我使用mpi allreduce。我有一个一维区间,分为N个子区间。每个处理器对每个箱子执行一定数量的总和。我使用MP_allreduce在每个处理器上为每个子间隔求和。代码似乎混合了子区间,因此在某些子区间中,处理器将其值贡献给不同的子区间。这是mpi_Allreduce的常见问题吗?如何解决?谢谢如果不看代码,很难解释错误的确切原因。但是,根据我对您问题的理解,您将一个元素数组划分为若干个区间,然后为每个进程分配一个区间。然后,每个进程计算其部分和。现在

mpi上的参数np是什么意思?

我正在学习MPI,我想知道MPI上的参数-np是否与我的计算机的处理器数量有关。我从MPI的文档开始,我发现了这一点 Open MPI同时提供mpirun和mpiexec命令。一种简单的方法 并行启动单个程序、多数据(SPMD)应用程序 是: 1 shell$mpirun-np 4 my_并行应用程序 这将启动一个四进程并行应用程序,运行四个副本 名为my_parallel_应用程序的可执行文件的 当我在Ubuntu 12.04中执行follow命令时 less /proc/cpuinfo 我

MPI-使用机器上的每个可用内核时没有性能提升

我有一个与MPI并行的C程序(声波解算器)。然而,我一直在测试不同数量的内核的速度,我发现了一些奇怪的事情。如果我使用N个进程,其中N是机器中可用的内核数,那么我看不到下一步的性能改进 所以在我的8核机器上,我看到了从1进程到2进程到4进程的加速,但不是从4进程到8进程的加速。同样,在我的4核笔记本电脑上,我看到速度从1提高到2,但不是从2提高到4 你知道是什么原因造成的吗?许多现代(英特尔)cpu在一个物理内核上运行两个处理器。您引用的核心数实际上是可用的硬件线程数,而不是物理执行单元数 只要

在生成MPI进程之前,请检查可用的插槽/资源

在生成如下所示的大量worker进程之前,我需要检查这个数字是否可用,以便在请求的插槽不可用时,下面的代码不会崩溃 int numworkers = settings.Parallelism + 1; //omp_get_num_procs(); MPI_Comm_spawn("./processes/montecarlo", MPI_ARGV_NULL, numworkers, MPI_INFO_NULL, 0, MPI_COMM_

&引用;主机密钥验证失败“;在群集中运行mpiexec时出错

我正试图通过连接两台笔记本电脑并运行mpi程序来创建一个mpi集群。我遵循了这里提到的步骤()。我能够在没有密码的情况下通过ssh连接到其他节点。然而,当我尝试运行mpiexec-n2-hosts-manager,worker./main时,我得到以下错误 [proxy:0:1@gunavaran-HP-Pavilion-Notebook] HYDU_sock_connect (utils/sock/sock.c:113): unable to get host address for guna

带有MPI的FFTW3 1D变换速度较慢

我正在使用MPI测试FFTW 1D c2c转换。 在编译并运行FFTW3教程上的2D示例后,我发现使用8个节点时,执行速度比只使用一个节点快2倍(使用大尺寸,如4096x4096) 所以我将这个例子修改为1D,但出现了一些问题,因为我看到了这个时间: 1 node = 0.763668 s 2 nodes = 1.540884 s 4 nodes = 1.336446 s 8 nodes = 0.851646 s 我的代码: #include <fftw3-mpi.h>

一般来说,为什么使用MPI的相同代码的计时会发生变化?

我有一个串行代码,我用FORTRAN中的MPI将其并行化。在不改变测试输入的情况下,计时从一次运行更改为另一次运行。 假设运行1t=0.75秒 运行2:t=0.32秒 同样,没有任何变化,使用相同的输入变量、相同的编译器和相同数量的进程和节点。 会发生什么? 谢谢不要试图从两个数据点得出结论。运行程序至少10次,计算平均执行时间和标准偏差(或其他方差度量,如果需要)。然后再报告。当你没有写任何改变时,你确定这是真的吗?例如,您的硬件上的其他活动是否可能使您的程序等待i/o资源或其他共享功能?您是

Mpi 群集中混合了AMD和Intel节点。。。考虑因素?

我正在我的大学建立一个256核的小型计算集群,用于流体动力学模拟。我们使用的代码是用C和Fortran混合编写的,目前在大型超级计算机上运行良好 在我们的集群开发中,我们有16个计算节点,每个节点有16个AMD CPU。我们还有一个8核的戴尔机箱,我们想用它作为“主机”或“登录”节点。然而,这个盒子是Intel Xenon 我们希望NFS将每个用户的主目录装载到登录节点,并限制他们对计算节点的访问。这将要求用户通过登录节点上的mpirun编译和运行他们的程序。我们的问题是: 对于这样的混合CPU

MPI广播中出错

抱歉发了这么长的邮件。我确实读到了其他一些与MPI广播相关的错误,但我看不到 找出我的程序失败的原因。 我是MPI的新手,我面临着这个问题。首先,我将解释我正在尝试做什么: 我的声明: 行标记400 列标签800 创建2 X 2笛卡尔拓扑 秩0包含整个矩阵。它希望将矩阵的一部分耗散到2x2笛卡尔拓扑中的所有过程。现在,相反 对于矩阵,我只是在处理整数。对于2x2笛卡尔拓扑中的过程P(i,j)(i-行,j-列),我希望它接收 (ROWTAG+i)在一条消息中,而(COLUMNTAG+j)在另一条消

使用valgrind发现mpi代码中的错误

我有一个串行工作的代码,但是使用mpirun-n2./out会产生以下错误: ./out': malloc(): smallbin double linked list corrupted: 0x00000000024aa090 我尝试使用valgrind,例如: valgrind --leak-check=yes mpirun -n 2 ./out 我得到了以下输出: ==3494== Memcheck, a memory error detector ==3494== Copyright

使用Mpi_散射和Mpi_聚集的矩阵乘法

我是mpi编程的新手。我在写矩阵乘法。浏览了关于使用分散和聚集例程进行矩阵乘法的帖子。 我试着在上面的帖子中修改代码,如下所示 #define N 4 #include <stdio.h> #include <math.h> #include <sys/time.h> #include <stdlib.h> #include <stddef.h> #include "mpi.h" void print_results(char *p

MPI_Reduce vs(根目录上的MPI_聚集和缩减)的性能

使用MPICH2库的克雷超级计算机。每个节点有32个CPU 我在N个不同的MPI列组上有一个浮点数,其中每个列组位于不同的节点上。我需要对这组浮动执行还原操作。我想知道,对于任何值N,MPI_Reduce是否比在根上计算约简的MPI_Gather快。请假设在根列上进行的约简将使用一个良好的并行约简算法来完成,该算法可以利用N个线程 如果N的任何值都不快,那么对于较小的N,比如16,或者更大的N,它会是真的吗 如果这是真的,为什么?(例如,MPI_Reduce是否会使用一种树通信模式,该模式倾向于

更改OpenMPI can的芯数“;见;

我正在运行一个调用mpirun的可执行文件(我没有访问源代码的权限)。我遇到以下错误,如果请求的内核数超过CPU上可用的内核数,这是很常见的: There are not enough slots available in the system to satisfy the 12 slots that were requested by the application: /Users/me/Library/app/executable Either request fewer slots

MPI/OpenMP混合代码中的单功能计时

我有一个MPI/OpenMP的混合代码。我想知道每个MPI进程在特定功能(比如A)上花费的时间是多少。此函数在OpenMP do/for循环内被调用,其上的各种函数也以非常复杂的方式调用(例如,其他一些函数,比如B和C可能调用a,a也可能在OpenMP do/for循环内)。我的计划如下: double A() { time1 = MPI_Wtime(); //compute result... //Note: inside this function there is no OpenMP

如何在MPI中列出每个节点的可用资源?

我有权访问MPI群集。它是一个纯粹、干净的lan群集,除了已安装的OpenMP、mpicc、mpirun之外,没有任何污点或其他东西。我有sudo的权利。可访问和配置的MPI节点都列在/etc/hosts中。我可以编译和运行MPI程序,但如何获取有关MPI群集功能的信息:可用内核总数、处理器信息、总内存、当前正在运行的任务 通常,我会搜索在MPI环境下工作的模拟和?可用的总内核数: 总内存: 您可以尝试使用Portable Hardware Location查看硬件拓扑,并获取有关总内核和总内存

恢复Linux进程状态后重新连接到MPI

故事时间考虑下面的场景: 使用Hydra,MPICH生成2个不同的进程(模拟器)。叫他们苹果和橘子 Apple和Orange开始时,他们加载一个动态链接的库,并使用该库调用MPI_Init并进行所有MPI通信。(那是我做的) 稍后,我们启动一个检查点 苹果将所需的一切保存到一个文件中,并在重启时加载 不过,Orange会保存整个Linux进程状态,并在重新启动时将其加载回 现在稍后,我们要从检查点加载模拟,以使用不同的参数运行它 我们再次调用Hydra,使用新参数启动Apple和Orange 苹

-配置MPI安装文件中的CC选项

我正在尝试安装MPI并使用以下命令设置C编译器标志: ./configure --prefix=MyPath --CC=gcc --CXX=g++ --FC=gfortran Shell告诉我 configure: error: unrecognized option: `--CC=gcc' 当我使用 ./configure --help 我看到所有这些环境变量实际上都是被定义的。如果我这么做的话 ./configure --prefix=MyPath 我试图设置编译器变量的方式

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